DBA: "Quelqu'un mange trop!"

Le sujet du «gonflement» des tables et des index en raison de l'implémentation de MVCC est un point sensible pour les utilisateurs et administrateurs de PostgreSQL.





Je l'ai soulevé une fois dans l'article "DBA: lorsque VACUUM échoue - Nous effaçons la table manuellement" , après avoir analysé avec des exemples spécifiques à quel point l'effet sur les performances des requêtes peut avoir sur les performances des requêtes si la transaction n'a pas été exécutée à temps ou perdue en raison transactions simultanées VACUUM



.





Mais, en plus de l'effet sur la vitesse, il y a aussi le fait de l'effet sur la place occupée. Vous serez probablement très surpris si une table avec un seul enregistrement "live", après un passage réussi, autovacuum



continue d'occuper des gigaoctets d'espace sur des SSD coûteux.





Aujourd'hui, nous allons faire un peu de recherche sur la structure du stockage des données dans les fichiers et creuser dans le pg_catalog



schéma décrivant la base de données PostgreSQL afin de comprendre comment identifier les tables qui occupent clairement une quantité d'espace étrangement importante .





, PostgreSQL 12, - MVCC.





CREATE TABLE bloat AS SELECT 0 i;

CREATE INDEX ON bloat(i);

--    ""  pg_temp,     
CREATE OR REPLACE PROCEDURE pg_temp.upd() AS $$
  UPDATE bloat SET i = i + 1;
$$ LANGUAGE sql; --  ,  plainSQL-,   

DO $$
DECLARE
  i integer;
  ts timestamp;
BEGIN
  FOR i IN 1 .. 1 << 14 LOOP
    ts := clock_timestamp();
    CALL pg_temp.upd();
    RAISE NOTICE '% : %', i, clock_timestamp() - ts;
  END LOOP;
END;
$$ LANGUAGE plpgsql;
      
      



, UPDATE



. ?





TABLE bloat;
      
      



  i
-----
16384
      
      



?





SELECT pg_relation_size('bloat');
-- 598016
      
      



... ! , , HOT-update. VACUUM



- !





VACUUM bloat;
-- ...  !
SELECT pg_relation_size('bloat');
-- 598016
      
      



, , PostgreSQL, :





  • - (pg_class.relfilenode



    )





  • , 1GB





  • () 8KB









"" VACUUM



(VACUUM FULL



) - , , , "" .





"" , "" - VACUUM



.





pg_catalog

pg_catalog - , - , , , , , ... , , Joel Jacobson. , :





  • pg_namespace - (schema)





  • pg_class - - , , matview, ...





  • pg_depend - , -





  • pg_attribute -





  • pg_statistic -





"" ( ):





  • (pg_depend



    ) (pg_namespace



    ) public



    ( pg_catalog



    information_schema



    )





  • (pg_class.relpages



    ) (pg_class.reltuples



    )





  • " " (pg_statistic



    ) (pg_attribute



    ) , NULL- (pg_statistic.stanullfrac



    ) (pg_statistic.stawidth



    ) (pg_attribute.attalign



    )





  • ""





, - ""?





PostgreSQL, 8KB. , , block_size:





SELECT current_setting('block_size')::integer;
-- 8192
      
      



, :





structure du placement des données dans un tableau
  • PageHeaderData



    - 24





  • ItemIdData



    - 4





  • HeapTupleHeaderData



    - 23 (32-bit -> 4 , 64-bit -> 8 )





, , 27 , :





Structure de HeapTupleHeaderData
HeapTupleHeaderData

, t_cid



t_xvac



C-union, 4 .





" " NULL'

NULL- . NULL- , HeapTupleHeaderData



23 "" .





8 NULL, 1 , 24 . 9, ... 2 , 25, 64-bit - 32 .





"" NULL .





, NULL , pg_statistic.stanullfrac



NULL- .





, , NULL, . -, , , sum/avg/min/max/count



.





! "", "SQL HowTo: 1000 ":





P = exp (somme (ln (...)))
P = exp(sum(ln(...)))

!

, , :





CREATE TABLE nobloat AS
SELECT 0 i;

CREATE INDEX ON nobloat(i);
      
      



-- objects-in-scheme
WITH dep AS (
  -- https://postgrespro.ru/docs/postgresql/12/catalog-pg-depend
  SELECT
    objid
  FROM
    pg_depend
  WHERE
    (
      refclassid
    , refobjid
    , classid
    ) = (
      'pg_namespace'::regclass
    , (
        -- https://postgrespro.ru/docs/postgresql/12/catalog-pg-namespace
        SELECT
          oid
        FROM
          pg_namespace
        WHERE
          nspname = 'public' -- schema
        LIMIT 1
      )
    , 'pg_class'::regclass
    )
)
-- objects
, cl AS (
  -- https://postgrespro.ru/docs/postgresql/12/catalog-pg-class
  SELECT
    oid
  , relname
  , relpages
  , reltuples
  FROM
    pg_class cl
  WHERE
    oid = ANY(ARRAY(TABLE dep)::oid[]) AND
    relkind IN ('r', 'm', 'p') -- relation | matview | partition
)
SELECT
  T.*
, cl.*
, CASE
    WHEN ratio >= 1 THEN (ratio - 1) * def.PAGESIZE
  END::bigint repack_effect_size
FROM
  (
    -- https://postgrespro.ru/docs/postgresql/12/storage-page-layout
    SELECT
      current_setting('block_size')::integer PAGESIZE
    , CASE
        WHEN version() ~ 'mingw32' OR version() ~ '64-bit' THEN 8
        ELSE 4
      END MAXALIGN
  ) def
, cl
, LATERAL (
    WITH cols AS (
      SELECT
        *
      , (sz + szq - 1) / szq * szq sza -- aligned size
      FROM
        (
            -- https://postgrespro.ru/docs/postgresql/12/catalog-pg-attribute
            -- https://postgrespro.ru/docs/postgresql/12/catalog-pg-statistic
            SELECT
              attname
            , attnum
            , coalesce(st.stanullfrac, 0) nfr
            , CASE
                WHEN attlen = -1 THEN
                  CASE
                    WHEN attstorage IN ('p', 'm') OR stawidth < 2048 THEN -- toast_tuple_target
                      stawidth
                    ELSE 8 -- len + toast_id
                  END
                ELSE attlen
              END sz
            , CASE attalign
                WHEN 'c' THEN 1
                WHEN 's' THEN 2
                WHEN 'i' THEN 4
                WHEN 'd' THEN 8
              END szq
            FROM
              pg_attribute at
            LEFT JOIN
              pg_statistic st
                ON (st.starelid, st.staattnum) = (at.attrelid, at.attnum)
            WHERE
              at.attrelid = cl.oid AND
              NOT at.attisdropped AND -- without dropped columns
              at.attnum > 0           -- without system columns (tableoid, ctid, ...)
            ORDER BY
              attnum
        ) T
    )
    SELECT
      CASE
        WHEN reltuples = 0 AND relpages = 0 THEN 1
        WHEN reltuples = 0 AND relpages > 0 THEN NULL
        ELSE
          relpages /
            ceil( -- need pages
              reltuples /
                (
                  (PAGESIZE - 24) / -- PageHeaderData
                    ceil(szt::double precision / reltuples)::bigint -- avg tuple size
                ) -- tuples-per-page
            )
      END ratio
    FROM
      (
        SELECT
          reltuples * 4 + -- ItemIdData
          (
            (reltuples - fnnt) * hdr_tuple_w_nulls + -- hdr, tuples w/nulls
            fnnt * hdr_tuple_wo_nulls                -- hdr, tuples wo/nulls
          ) +
          sztc szt -- size of tuples
        FROM
          (
            SELECT
              sztc
            , fnnt
              -- aligned headers
            , ceil(hdr_cols_sys::double precision / MAXALIGN)::integer * MAXALIGN hdr_tuple_wo_nulls
            , ceil((hdr_cols_sys + hdr_cols_null)::double precision / MAXALIGN)::integer * MAXALIGN hdr_tuple_w_nulls
            FROM
              (
                SELECT
                  -- https://doxygen.postgresql.org/htup__details_8h_source.html#l00121
                  -- 4 : t_xmin
                  -- 4 : t_xmax
                  -- 4 : t_cid | t_xvac
                  -- 6 : t_ctid
                  -- 2 : t_infomask2
                  -- 2 : t_infomask
                  -- 1 : t_hoff
                  23 hdr_cols_sys
                , ceil(count(*)::double precision / 8)::integer hdr_cols_null
                , sum(ceil(sza * reltuples * (1 - nfr))) sztc -- size of tuples cols
                , trunc(exp(sum(ln(CASE WHEN nfr < 1 THEN 1 - nfr ELSE 1 END))) * reltuples) fnnt -- full-not-null-tuples
                FROM
                  cols
              ) T
          ) T
      ) T
  ) T;

      
      



?





ratio |   oid | relname | relpages | reltuples | repack_effect_size
-------------------------------------------------------------------
   73 | 41333 | bloat   |       73 |        15 |             589824
    1 | 41337 | nobloat |        1 |         1 |                  0
      
      



, PostgreSQL , bloat



15 , 1, - ANALYZE



. , ratio



1.





- , "" :





  • VACUUM FULL





  • pg_repack





  • pgcompacttable








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